武士の名前に限らず、個人の名前に付く「どの」や「さん」等は、
人名を明らかにするために切るとなっていますので、
通称(ペンネームや源氏名等)であっても、
愛称や短縮形でないかぎり、切るのだろうと思います。
しかし、官位名は人名ではありませんので、そのあとの
「どの」「さん」等は続けて書くことになります。
吉良上野介は、本名は、吉良義央といい、「上野介」は官位名ですので、
表記辞典には続ける例として載っているのではないでしょうか?
実際にその職についているかどうかではなく、
また、通称として用いられているか否かではなく、
あくまでもその個人の名前かどうかで判断するのではないかと思います。
源九郎義経は、源が苗字、九郎が通称、義経が諱ということなのですが、
全部個人名ですので、九郎殿であれ、義経殿であれ、
「どの」は切ることになります。
同様に、大石内蔵助は、大石が苗字、内蔵助が通称、
諱が良雄ですので、「クラノスケ」は官位名や愛称ではなく、
大石さんのお名前の一部ですから、
オオイシ■クラノスケ■ドノとなると思います。
しかし、義経のことを九郎判官殿、と書かれていたら、
たとえ、義経が通称的に「判官殿」と呼ばれていたとしても、
判官は官位名ですので、クロー■ハンガンドノとなりますね。