『表記辞典』第5版(2002年)では、「0」の項目と「零」の項目は別になっていて、アラビア数字の「0」については数符0、漢字の「零」は仮名の「レイ」としているようですね。
それが、第6版(2014年)では「0」と「零」の項目が合体されて、墨字の表記がどちらであっても「数符0テン」「数符0ド」と書くと言われているように読めます。
私も、他の数字と同様、数量的・序列的な意味があるときは数字で書くのが理にかなっていると思っています。
墨字の表記に左右される必要はないですよね。
「零下」などは、もともとは0度の下ということですから数量的な意味だったのかもしれませんが、少なくとも現在、「マイナス」「氷点下」を表す言葉として普通に使われているので、仮名で書くのでしょうね。
具体的な数量などを指す意味はないわけですから。
そういう意味では使い分けがあると思います。