お尋ねします。
登場人物の会話の「」は当然第１カギを使うかと思いますが、
主人公の呟きが()でくくられています。このような場合は第１カッコを使ってよいのでしょうか。カッコ類は原則として説明の語句を含む場合に用いるとあるので、第１カギや第2カギに置き換えるのでしょうか。

申し訳ないのですが、これについては正しい答を知りません。
どこかに規定があるのかもしれませんが、不勉強で申し訳ありません。

墨字では、声に出さない内心のつぶやきに、よく丸括弧を使いますね。
確かに、点字では説明や省略部分に使うことになっている第1括弧は、意味が違うんじゃないかとは思います。
ただ、会話部分の「」には第1カギですから、それとははっきり区別したい内心のつぶやきに第1カギは使えません。
そこで、原本に丸括弧が使ってある場合、そのまま第1括弧を使うことが多いように思います。
おそらく、説明や省略と誤解されることはなく、墨字では丸括弧をこういうところに使うということが結構知られていたりもするので、私たちも第1括弧を使ってしまっています。
本来なら、第1カギではないカギとして、第2カギを使うのが理にかなっているのかもしれませんが…。

ここを見てくださっているかた、どうしていらっしゃるか、是非ご意見をお聞かせください。

えむ様、丁寧に答えて下さりありがとうございます。
「」や()の使い方が多様になるなか、どこまで正確に点訳のルールに則ったらいいのか分からなくもなります。
このような場があり本当にありがたく思っています。